Tot de eerste Westerse bezoekers van het gebied, in de 17e eeuw, behoren Juan de Castro en d'Anville, die in de heuvel Medinet al-Haras, Berenike herkende. De voormalige circusartiest Belzoni, beroemd omdat hij de ingang vond van de Piramide van Khefren (nabij Giza) alsmede graf van Farao Seti I (nabij Luxor), herontdekte Berenike in 1818 waarbij hij gebruik maakte van de gegevens van d'Anville. Kort daarna tekende de beroemde Egyptoloog Wilkinson de eerste kaart van de stad en de naaste omgeving, waarbij hij misschien wel de kom van Chinees porselein, waarvan hierboven een scherf te zien is, heeft achtergelaten.

Hoewel de geografische positie van Berenike dus bekend was in de 19e eeuw hebben er nooit opgravingen plaatsgevonden. Archeologisch onderzoek beperkte zich tot het leegruimen van de belangrijkste tempel, gewijd aan Serapis. In 1938 berichtte Wellsted dat veel van de reliëfs in die tempel zodanig verweerd waren dat van de muur verwijderd konden worden door er met de hand overheen te strijken. Aanvullende werkzaamheden bestonden uit het vervaardigen van beschrijvingen, tekeningen en plattegronden op basis van wat er aan resten aan de oppervlakte zichtbaar waren. Ook Murray, in de jaren 1920, en Meredith, in de jaren 1950, hebben de stad en de pleisterplaatsen op weg naar de Nijl vallei in verschillende publikaties beschreven.

De reden dat de stad niet werd opgegraven was voornamelijk van praktische aard: de logistieke problemen van het werk in Berenike waren enorm. Onderzoekers konden niet langer dan een paar dagen in het gebied blijven omdat ze voedsel en drinkwater voor zowel de heen- en terugreis als het verblijf ter plaatse mee moesten nemen. Moderne transportmiddelen en de aanleg van een asfaltweg, op minder dan 5 km van de resten van Berenike, hebben deze moeilijkheden aanzienlijk verminderd. Echter, de ligging van Berenike in een militair gebied dicht bij de Soedanese grens en de omstreden Halaib driehoek verhinderde, tot voor kort, de toegang voor buitenlanders vrijwel volledig. Pas in 1994 werd toestemming gegeven de stad en het achterland opnieuw in kaart te brengen en aansluitend de opgraving van Berenike te beginnen.