De resten van Berenike liggen aan de kust van de Rode Zee, vlakbij de grens tussen Egypte en Soedan, in een verlaten gebied net ten zuiden van het dorpje Arab Saleh (Baranies). Dit dorp, op een afstand van ongeveer 15 km, wordt bewoond door de Ababda, een nomadisch volk dat oorsponkelijk leefde van het hoeden van schapen, geiten en kamelen. Het enige dat wijst op de resten van een oude stad is een lage heuvel, bezaaid met stukken koraal en potscherven.

In de winter van 1999/2000 vond voor de zevende keer een expeditie naar Berenike plaats. Gedurende eerdere expedities (1994-1999) was al komen vast te staan dat de stad bewoond moet zijn geweest tot in de zesde eeuw n.Chr. Zelfs in de laatste periode van bewoning waren de handelscontact intens, zij het minder dan gedurende de twee bloeiperioden van de stad: de vroeg Romeinse tijd (de eerste en tweede eeuw n.Chr.) en de vierde eeuw n.Chr. tot in het begin van de vijfde eeuw n.Chr.

In alle fasen van bewoning hadden de inwoners van Berenike de beschikking over luxe goederen, zoals fraai beschilderd glaswerk en ingevoerd aardewerk. De huizen, hoewel gebouwd van plaatselijk beschikbare bouwmaterialen van matige kwaliteit, zoals fossiel koraal, gipssteen en tichelstenen van zand, waren gestoffeerd met dure wandkleden en tapijten. Sommige gebouwen waren versierd met marmeren vloeren of tegelwanden, ingevoerd vanuit Klein Azië. Het grootste deel van het voedsel werd aangevoerd vanuit de Nijlvallei over een afstand van tenminste 375 km. Water kwam uit een aantal bronnen aan de voet van het Rode Zeegebergte, op een afstand van ongeveer 8 km.

Zelfs bijna 2000 jaar later hebben de leden van de expeditie te maken met problemen veroorzaakt door de afgelegen ligging van Berenike vergelijkbaar met de uitdagingen waarvoor de oorspronkelijk inwoners van Berenike zich gesteld zagen. Water, eten en alle materialen moeten over grote afstand worden aangevoerd en de elektriciteit die nodig is voor het gebruik van computers en microscopen, en die geleverd wordt door zonnepanelen, is schaars.