In 275 v.Chr. stichtte Ptolemeus II (Philadelphos), koning van Egypte, een nieuwe haven aan de kust van de Rode Zee en noemde die naar zijn moeder, Berenike I. De belangrijkste reden voor het stichten van deze haven was de behoefte van de Ptolemeën aan olifanten. Deze werden gebruikt in de oorlog tegen de Seleuciden, die de invoer van Indische olifanten blokkeerden. De Ptolemeën besloten daarop Afrikaanse olifanten te vangen in wat nu oost-Soedan, Eritrea en Ethiopië is, om die dieren over de Rode Zee te vervoeren in speciale schepen (elephantagoi) en ze vervolgens in zuid-Egypte aan land te zetten waarna ze lopend hun eindbestemming bereikten.

De ligging van Berenike was uitermate goed gekozen, beschermd als het is tegen de overwegend noordelijke winden door een groot schiereiland. Bovendien maakten de gevaarlijke koraalriffen en de piraten die de schepen bedreigden vanaf het Arabisch schiereiland een zo zuidelijk mogelijk gelegen haven aantrekkelijk. Vanuit Berenike leidden een aantal wegen door de Oostelijke woestijn naar de Nijlvallei. Langs deze wegen waren op regelmatige afstanden stopplaatsen gelegen (hydreumata) die de karavaans van water en onderdak voorzagen.

In de Romeinse tijd ontwikkelde Berenike zich tot een handelshaven waarnaar specerijen, mirre, wierook, parels en textiel werden aangevoerd voor doorvoer naar Alexandrië en Rome. De aard van deze handel is min of meer bekend uit oude geschriften, met name de zogenaamde Periplus van de Erythreïsche Zee waarin de havens van de Rode Zee, oost-Afrika, zuid-Arabië en India genoemd worden samen met de goederen die er verhandeld werden.

Tot 1994 was er echter niets bekend over de organisatie van Berenike zelf. Over het algemeen werd aangenomen dat de stad was verlaten in de derde eeuw n.Chr. toen de politieke, economische en militaire onrust in die tijd een einde zou hebben gemaakt aan de lange afstandshandel.