De belangrijkste financiers van het Berenike zijn de stichting Geesteswetenschappen van de stichting Nederlands Wetenschappelijk Onderzoek (GW-NWO), die aan het project heeft bijgedragen van 1995 tot 1999 en opnieuw gedurende de periode 2000-2003, de National Geographic Society, die aan het project heeft bijgedragen van 1994 tot 2000, de Samuel H. Kress Foundation en de Universiteit van Delaware.

Vele andere organisaties, bedrijven en personen hebben bijgedragen aan specifieke aspecten van het werk in Berenike. Hiertoe behoren, onder andere, het Nederlandse Ministerie van Buitenlandse Zaken, de Dorot Foundation, de Universiteit van Columbia in New York, de Gratema Stichting, de stichting Utopa, het Leids Universitair Fonds, 3 Com Computer Co-operation, de Universiteit Leiden (afdeling Egyptologie), Philips Egypte, Organon, de American Philosophical Society, Dionysos Systems en de National Endowment for the Humanities.